Nato il 14 giugno 1940 a Modena, città con cui non ha mai legato fino in fondo, il vate dei cantautori italiani ha trascorso i primi anni di vita a Pavana, sull'Appennino pistoiese. La madre, Ester Prandi, è costretta a rifugiarsi nella casa dei nonni paterni causa l'inizio del secondo conflitto mondiale e la conseguente partenza, come soldato, del padre Ferruccio.

Dopo la guerra Francesco Guccini torna a Modena insieme alla famiglia e finite le scuole lavora come giornalista per la Gazzetta di Modena. Nel 1961 si trasferisce a Bologna e si iscrive all'università, dove nasce il mito dell'eterno studente: completa gli esami, ma non si laurea (nella canzone "Addio" Guccini canta, parafrasando Socrate, "io, Francesco Guccini, eterno studente / perché la materia di studio sarebbe infinita / e soprattutto perché so di non sapere niente").

La carriera musicale di Guccini comincia alla fine degli anni '50, quando entra a far parte di gruppi rock. Nel 1961 scrive la sua prima canzone ("L'antisociale") e l'anno dopo scopre Bob Dylan. Negli anni '60 si fa conoscere soprattutto come autore ("Auschwitz" per l'Equipe 84 e "Dio è morto" per i Nomadi, di Augusto Daolio) ed è vittima di una censura all'italiana: "Dio è morto", canzone di profonda spiritualità - trasmessa persino da Radio Vaticana - viene censurata dalla RAI, perchè considerata blasfema.

Nel 1967 pubblica il suo primo disco, "Folk Beat n. 1", con brani oggi considerati grandi classici come "Noi non ci saremo", "Statale 17" e "In morte di S.F. (Canzone per un'amica)". Come Fabrizio De André, anche Francesco Guccini non si è mai lasciato imporre i ritmi dall'industria discografica ma ha sempre inciso se ne aveva voglia e quando sentiva di avere realmente qualcosa da dire.

Tappe fondamentali della sua musica possono essere considerati "Radici" del 1972 (con quello che è un po' il suo inno: "La locomotiva", ballata anarchica ispirata a una storia vera del 1893), "Via Paolo Fabbri 43" del 1976 (il cui titolo altro non è che l'indirizzo bolognese di Guccini e con "Piccola storia ignobile", un brano dedicato alle polemiche sull'aborto), "Fra la Via Emilia e il West" del 1984 (registrazione del concerto del 21 Giugno 1984 in Piazza Maggiore a Bologna, la miglior antologia possibile dei primi vent'anni musicali di Guccini), "Signora Bovary" del 1987 (con canzoni dedicate al padre – "Van Loon" - e alla figlia Teresa – "Culodritto" - forse l'album di Guccini in cui c'è più attenzione per la musica, per una volta non solo sfondo per i testi) e l'amaro e malinconico "Quello che non..." del 1990 (con una splendida canzone d'amore – "Canzone delle domande consuete" - e la bellissima e triste "Cencio", dedicata a un amico della Bocciofila di Modena).

Guccini ama considerarsi un appartenente alla famiglia dei cantastorie dai quali ha ereditato una tecnica raffinata nella costruzione dei versi delle sue canzoni, unica nel suo genere. Politico è il suo modo di raccontare le cose e di poetare, strettamente legato ad una forma dubitativa espressa attraverso una velata ironia, che è una delle sue caratteristiche più interessanti. Non è un caso che Guccini venga studiato nelle scuole come esempio di "poeta" contemporaneo e che gli sia stato conferito nel 1992 il Premio Librex-Guggenheim Eugenio Montale per la sezione "Versi in Musica".

Francesco Guccini è anche scrittore: ha esordito nel 1989 con "Croniche Epafaniche", racconto dell'infanzia pavanese, seguito nel 1993 da "Vacca d'un cane", sull'adolescenza a Modena e gli inizi musicali. Nel 1997 poi, insieme a Loriano Macchiavelli, si è cimentato nel giallo, con il romanzo "Macaronì", seguito nel 1998 da un altro giallo scritto ancora con Macchiavelli: "Un disco dei Platters". In mezzo a tutto questo, si trovano anche un curioso dizionario Italiano-Pavanese e la biografia "Un altro giorno è andato". Del 2003 è il libro "Cittanòva blues".

Ha fatto inoltre molte apparizioni in molti film di cui sono presenti molte sue canzoni.

Nel 2012 pubblica quello che dichiara essere il suo ultimo almum dal titolo "L'ultima Thule"