Javier Adelmar Zanetti nasce a Buenos Aires il giorno 10 agosto 1973.
Esordisce nel mondo del calcio professionistico nel 1991 nella primavera del Talleres de Remedios de Escalada. L'anno seguente passa in prima squadra, sommando 17 presenze e siglando 1 rete.

Nel 1993 approda nella massima serie, al Banfield, con cui gioca 37 partite segnando una rete. Dopo un'altra stagione con gli argentini (29 presenze e tre gol) viene acquistato dal presidente dell'Inter Massimo Moratti, segnalato da Angelillo.
 
Il suo esordio italiano risale al 1995. Dopo il ritiro dai campi di Giuseppe Bergomi (1999), Javier Zanetti diventa capitano dell'Inter.

Detentore del record di presenze con la squadra di calcio nazionale argentina, nella quale milita dal 1994, nel 2004 è stato inserito nella FIFA 100, una lista dei 125 più grandi giocatori viventi, selezionata da Pelé e dalla FIFA in occasione delle celebrazioni del centenario della federazione.
 
Considerato un vero gentiluomo per la sua correttezza e il suo esempio, Zanetti è anche molto impegnato nel sociale: il suo impegno principale è quello di aiutare i ragazzi argentini della Fundación Pupi.
 
Arriva a vestire la maglia nerazzurra per la sua partita numero 700 nella magica notte del 22 maggio 2010, a Madrid, quando l'Internazionale dopo 45 anni vince nuovamente la Champions League.
 
Gioca la sua ultima partita con la maglia nerazzurra il 10 maggio 2014 (Inter Lazio, 4-1).