Nato a Redange-sur-Attert, cresce nella regione delle miniere dove il padre lavorava nell'industria siderurgica. Studia al liceo Michel Rodange della città di Lussemburgo ottenendo la maturità classica (baccalauréat classique-littéraire), prima di trasferirsi all'Università di Strasburgo, dove consegue una laurea in giurisprudenza (maîtrise en droit). Si è congedato dalla carriera di avvocato nel febbraio 1980 e non ha più esercitato questa professione.

Salute
Dopo un drammatico incidente stradale nell'autunno del 1989, passò due settimane in coma e successivamente sei mesi su una sedia a rotelle. Tale incidente, sommato a una sciatica di cui Juncker aveva precedentemente fatto menzione, lo ha portato ad avere un’andatura claudicante al modo di camminare è stato causa di una campagna denigratoria nei suoi confronti incominciata da Jeroen Dijsselbloem (ministro olandese che non aveva apprezzato le critiche di Juncker sulla gestione della crisi cipriota) che associò il suo incedere a dei problemi di alcolismo.

«Ho un problema di equilibrio con la gamba sinistra che mi costringe ad afferrare il corrimano quando sono su una scala. Un ministro olandese, che avevo afferrato per un braccio dopo pranzo, disse che ero ubriaco. Questo problema risale a un grave incidente automobilistico. Nel 1989 ho trascorso due settimane in coma, poi sei mesi su una sedia a rotelle.»